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手机短信删除后，在营业厅是否能查出来取决于具体情况。
一般情况下，手机短信删除后，只是删除了个人手机中的短信记录，运营商的服务器中仍然会保存近期的短信记录，如果是因为需要查询某些重要的短信记录或者涉及到法律案件等特殊情况，公安机关或法院等有权机关可以前往运营商的营业厅进行查询，但这种情况需要依法进行，并且需要提供相应的证明材料和手续。
而对于普通人来说，一般无法随意到营业厅查询已删除的短信记录，因为涉及到个人隐私和信息安全等问题，运营商不会随意透露相关信息。
手机短信删除后，在营业厅是否能查出来需要根据具体情况而定，如果有需要，建议提前咨询相应的运营商或相关部门。